隨著左夢庚去職，馬士秀等人被強(qiáng)制調(diào)到外地任職，左良玉一系留在湖廣防區(qū)的其他將領(lǐng)失去了領(lǐng)頭的人，無法形成合力跟軍區(qū)角力了。
而何騰蛟、袁繼咸上任后，又通過人事調(diào)任將這些將領(lǐng)交叉調(diào)往其他地方任職，逐漸將軍隊中的私兵色彩消除。沒有了親自招募提拔心腹手下，這些將領(lǐng)也成了一個普通的中高級軍官而已，不再具有蠱惑部下跟上司對抗的實(shí)力了。
掌握住湖廣防區(qū)后，楊毅加快了對各大軍區(qū)的軍事改革。
因?yàn)槎愂盏脑黾?，有足夠的財力支撐軍事開支后，楊毅廢除了明朝的世襲軍戶衛(wèi)所制，改為募兵制。
戰(zhàn)時打仗、閑時屯田的衛(wèi)所制已經(jīng)不適和現(xiàn)在戰(zhàn)爭中對官兵軍事素質(zhì)越來越高的要求。
即使不打仗的時候，正規(guī)軍官兵們也應(yīng)該要進(jìn)行各種訓(xùn)練，而不是去耕種土地、自給自足。只有平時多流汗，戰(zhàn)時才能少流血。平時不訓(xùn)練，上了戰(zhàn)場也是烏合之眾，不堪一擊。
其實(shí)，明朝末年因?yàn)樾l(wèi)所制的種種缺陷，在戰(zhàn)場上屢屢失利，明軍已經(jīng)產(chǎn)生了大量的逃兵。為了補(bǔ)充兵員，各地將領(lǐng)都或多或少進(jìn)行了募兵。只不過，這個募兵只是朝廷默許的各地將領(lǐng)私下的動作，沒有形成正式的軍事制度。
軍戶衛(wèi)所制相比募兵制，在戰(zhàn)斗力上懸殊非常大。這一點(diǎn)，可以參考實(shí)行募兵制的戚家軍和其他明軍部隊的戰(zhàn)斗力對比。
就是因?yàn)樾l(wèi)所制的官兵不是職業(yè)軍人，還要兼顧農(nóng)業(yè)生產(chǎn)，不可避免的耽誤了軍隊的訓(xùn)練，也降低了士兵的戰(zhàn)斗力。因此，楊毅現(xiàn)在就以朝廷的名義正式廢除衛(wèi)所制，改為募兵制了。
原來的軍屬土地，全部收歸朝廷，轉(zhuǎn)為國有農(nóng)場，雇傭原來的軍戶進(jìn)行耕種。
原來的府兵，全部轉(zhuǎn)為職業(yè)軍人，全職當(dāng)兵。配軍銜、發(fā)薪餉，正式開啟全局性的職業(yè)軍人時代。
當(dāng)然，為了避免老百姓爭相逃避當(dāng)兵，不響應(yīng)軍隊的招募，楊毅也規(guī)定了每一個16歲以上、35歲以下，身體健康的非科舉官員成年男子，都必須至少要服兵役三年。如果是海軍等技術(shù)要求更高的兵種，則要服役至少四年。
這個兵役當(dāng)兵的去處，不限于正規(guī)野戰(zhàn)部隊或海軍，還包括地方城衛(wèi)部隊、巡捕等等。
為了適應(yīng)高強(qiáng)度的訓(xùn)練要求，現(xiàn)有的部隊中有些年齡、身體不符合新規(guī)定的士兵，給予遣散費(fèi)予以遣散。
然后，根據(jù)當(dāng)前戰(zhàn)爭形勢的需要，楊毅對各大軍區(qū)所屬部隊進(jìn)行了一些調(diào)整，并按照軍、師、團(tuán)、營、連、排、班的編制進(jìn)行了改革。
從崇禎十八年年底開始，經(jīng)過半年的努力，至崇禎十九年六月，大明帝國全國軍隊才完成了所有的制度改革工作。
除禁軍之外，整改后的全國正規(guī)野戰(zhàn)陸軍為36萬人，然后每個軍配備兩千多人的全職后勤部隊，總數(shù)4萬人，全軍總?cè)藬?shù)40萬。
原來明朝江南各省的軍隊在60萬左右，現(xiàn)在挑選出來的正規(guī)軍卻只有40萬。因此，除了年齡、身體素質(zhì)不達(dá)標(biāo)被遣散的士兵外，還有十多萬人被充進(jìn)江南各省地方州府，充當(dāng)城門守衛(wèi)、巡捕等等。
整編后的直隸防區(qū)司令部在南京，節(jié)制直隸省，總督為徐孚遠(yuǎn)中將，兼領(lǐng)禁軍軍長一職。然后下轄大明帝國陸軍第一軍，駐扎鳳陽府，軍長為金運(yùn)虎；第二軍駐扎徐州，軍長為夏允彝；第三軍駐扎淮安、揚(yáng)州，軍長為史德威；第四軍駐扎滁州、和州、瀘州，軍長為黃得功。
第一軍到第四軍的駐扎地就是原來的江北四鎮(zhèn)，主要任務(wù)就是防備北方李自成的大順軍南下。
然后第五軍、第六軍就分散駐守直隸省其他州府如安慶府、寧國府、常州府、蘇州府等地。
湖廣防區(qū)司令部在湖廣省首府武昌，節(jié)制湖廣省、江西省，總督為何騰蛟中將、副總督為袁繼咸少將。下轄大明陸軍第七軍駐扎武昌，第八軍駐扎襄陽，第九軍駐扎荊州。這三個軍也是主要防備北方的。
第十軍駐扎常德，防備西部四川的張獻(xiàn)忠。第十一軍駐扎江西南昌、九江，防守江西全省。
西南軍區(qū)司令部在貴州省首府貴陽，節(jié)制貴州、云南、四川三省，總督為解學(xué)龍少將。下轄陸軍第十二軍駐扎貴陽，第十三軍駐扎四川播州，第十四軍駐扎云南昆明。
廣州軍區(qū)司令部在廣東省首府廣州，節(jié)制廣東、廣西兩省，總督為張同敞少將。下轄陸軍第十五軍駐扎廣州，第十六軍駐扎廣西桂林。
福州軍區(qū)司令部在福建省首府福州，節(jié)制浙江、福建兩省，總督為鄭成功少將。下轄陸軍第十七軍駐扎浙江杭州，第十八軍駐扎福建福州。
然后，鄭成功將他老子留下的二十多萬官商混合部隊，遣散了老弱婦孺，挑出真正的戰(zhàn)艦和海軍士兵，組成1000多艘戰(zhàn)艦、十萬人規(guī)模的大明帝國東海艦隊。
剩下的武裝商船和數(shù)萬水手，則和中央戶部、工部組成大明遠(yuǎn)洋貿(mào)易集團(tuán)，展開大宗貨物的遠(yuǎn)洋貿(mào)易。
這個大明遠(yuǎn)洋貿(mào)易集團(tuán)，中央朝廷占51%的股份，鄭氏家族占49%的股份，由朝廷任命官員進(jìn)行日常管理，鄭氏家族派遣代表進(jìn)行監(jiān)督。
由此，楊毅就將鄭氏家族的商業(yè)分離了出來。以后，鄭成功就在楊毅的指示下，專注于海軍戰(zhàn)艦和武器的升級換代、海軍官兵的作戰(zhàn)訓(xùn)練，以備將來的海戰(zhàn)。
概括起來，全軍軍事改革后的大明軍隊，陸軍總共19個軍，42萬人；海軍東海艦隊1000多艘戰(zhàn)艦、10萬海軍。
全軍改革完成后，南京兵工廠開足馬力，經(jīng)過一年多的生產(chǎn)，也存夠了足夠裝備全軍的步槍、大炮等先進(jìn)火器。
對禁軍率先使用的這些先進(jìn)武器，各大軍區(qū)高級將領(lǐng)都曾親眼見識過，早已眼饞不已。
因此，楊毅一聲令下，各大軍區(qū)總督就帶著后勤部隊蜂擁而至，將各自的武器運(yùn)回駐地，開始了步槍、大炮的訓(xùn)練。
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