自從那場被稱為“死亡之雨”的災(zāi)難之后，世界已經(jīng)改變了很多。被從天而降的黑色的如同雨滴一般的液體——魔素之血感染的人都會畸變?yōu)橐环N被稱為“穢鬼”的魔物，從靈魂到肉體都被扭曲，具有極強(qiáng)的再生能力。
王國發(fā)掘了遠(yuǎn)古文明「白」之圣教的遺產(chǎn)，發(fā)現(xiàn)了抑制魔血的感染和“凈化”魔血帶來的污穢的方法。有此創(chuàng)造了不死部隊(duì)與巫女——魔法少女的前身——以對抗“穢鬼”等魔物的侵襲。
然而“凈化”其實(shí)并非真正的凈化，其本質(zhì)只是創(chuàng)造一個(gè)名為“女巫”的、能夠承受大量污穢的容器去吸收魔血的力量——這導(dǎo)致了“巫女”的大量消耗，并在事情敗露之后產(chǎn)生了巨大的混亂。
最后的關(guān)頭，王國的王室與貴族啟動了利用遠(yuǎn)古文明借住魔素驅(qū)動的科技秘密創(chuàng)造的浮空城，脫離的地面來到帶來“死亡之雨”的魔云之上，只留下地面的一片狼藉。
這，就是前紀(jì)元的故事——
——幾百年過去了，死亡之雨已經(jīng)停歇，地面上幸存的人們重新建立了城市與國家，但魔物從未消失，穢鬼的感染依舊威脅者人們的生命。
逃離至天空的“王國”在被人們遺忘之后再度回到了人們的視野之中。他們自稱“魔法王國”，在他們的技術(shù)立場之下，被魔素之血感染的適格的少女不會化為“穢鬼”，而是靈魂凝結(jié)為“心之卵”，成為被稱之為“魔法少女”的存在。魔法少女的使命是抗擊被感染的魔物——人類所化的“穢鬼”、動物所化的“污骸”、植物所化的“畸木”……她們使用能力依靠魔素之血中的魔法力量，但這種力量本身就將帶來污穢，她們必須依靠“魔法王國”產(chǎn)量“有限”的一種魔法糖果凈化污穢。一旦污穢布滿心之卵，魔法少女就會“死亡”，而在她身上重生的存在被稱為“魔女”——那是一種比普通魔物還要危險(xiǎn)的存在，她們有著扭曲的姿態(tài)、比穢鬼更強(qiáng)的智慧，已經(jīng)對人類靈魂的吞噬的欲望：魔女能夠吞噬人類的靈魂以成長，強(qiáng)大的魔女甚至能夠奪取“心之卵”中的魔力以獲得魔法少女的魔法——這通常會導(dǎo)致魔法少女死亡或者精神受到嚴(yán)重的創(chuàng)傷。但魔女也有著可以被魔法少女利用的地方：她們墮落為魔女之后，心之卵便孵化為了魔之種，魔之種可以吸收相當(dāng)數(shù)量的污穢，但到一定程度以后可能重新孵化出魔女?！澳Хㄍ鯂币竽Хㄉ倥畟兩辖皇褂猛戤叺哪еN，有傳言稱呼那就是“魔法糖果”的材料，但沒有人能夠回答這一點(diǎn)……